تایپینگ سویه های اشریشیاکلی اوروپاتوژنیک جدا شده از بیماران مبتلا به عفونت ادراری در استان اصفهان و دسته‌بندی ژنتیکی ایزوله‌های سروگروپ O25 به روش چند شکلی حاصل از تکثیر تصادفی DNA

نوع مقاله: اصیل

نویسندگان

1 کارشناسی ارشد میکروبیولوژی، گروه میکروبیولوژی، واحد شهرکرد، دانشگاه آزاد اسلامی، شهرکرد، ایران

2 استاد میکروبیولوژی، گروه میکروبیولوژی، واحد شهرکرد، دانشگاه آزاد اسلامی، شهرکرد، ایران

3 استادیار میکروبیولوژی، گروه میکروبیولوژی، واحد شهرکرد، دانشگاه آزاد اسلامی، شهرکرد، ایران

چکیده

مقدمه و هدف: عفونت های دستگاه ادراری یکی از شایع ترین عفونت های باکتریایی است که عمدتا توسط اشریشیاکلی اوروپاتوژنیک (UPEC) ایجاد می گردد. هدف از این مطالعه تعیین شیوع انواع سروگروپ های O در باکتری های اشریشیاکلی جدا شده از بیماران مبتلا به عفونت ادراری در استان اصفهان و دسته‌بندی ژنتیکی ایزوله‌های سروگروپ O25، به روش RAPD-PCR می باشد.
روش کار: 226 نمونه ادرار بیماران مبتلا به عفونت ادراری از بیمارستان های استان اصفهان جمع آوری و مورد بررسی قرار گرفتند. جدایه های اشریشیاکلی با استفاده از روش های بیوشیمیایی شناسایی شدند. سروگروپ های این جدایه ها به روش PCR تعیین و دسته بندی ژنتیکی ایزوله های دارای سروگروپ O25 با استفاده از روش RAPD-PCR انجام گرفت .
یافته ها: از میان کل نمونه های مورد مطالعه، 96 جدایه اشریشیاکلی جدا گردید. شایع ترین انواع آنتی ژن O، O25 (5/37 درصد)، O21 (37/9 درصد) و O6 (33/8 درصد) بودند دسته بندی ژنتیکی ایزوله های دارای سروگروپ O25، 27 پروفایل مختلف را در میان این 36 جدایه با ضریب تشابه بالای 80 درصد نشان داد.
نتیجه گیری: در اشریشیاکلی های مولد عفونت ادراری، سروگروپ های O می توانند با الگوی عوامل ویرولانس در هر سویه در ارتباط باشند. روش RAPD-PCR می تواند برای تشخیص سویه های اشریشیاکلی از نمونه های بالینی و یا محیطی مورد استفاده قرار گیرد. تنوع ژنتیکی بالا در جدایه ها نشانگر منابع مختلف آلودگی دستگاه ادراری به اشریشیاکلی می باشد.

کلیدواژه‌ها


1. Ejrnaes K, Sandvang D, Lundgren B, Ferry S, Holm S, Monsen T, et al. Pulsed-field gel electrophoresis typing of Escherichia coli strains from samples collected before and after pivmecillinam or placebo treatment of uncomplicated community-acquired urinary tract infection in women. J Clin Microbiol. 2006; 44(5):1776-81.
2. Gulsun S, Oguzoglu N, Inan A, Ceran N. The virulence factors and antibiotic sensitivities of Escherichia coli isolated from recurrent urinary tract infections. Saudi Med J. 2005; 26(11):1755-8.
3. Flores-Mireles AL, Walker JN, Caparon M, Hultgren SJ. Urinary tract infections: epidemiology, mechanisms of infection and treatment options. Nat Rev Microbiol. 2015; 13(5):269-84.
4. Parish A, Holliday K. Long-term care acquired urinary tract infections' antibiotic resistance patterns and empiric therapy: a pilot study. Geriatr Nurs. 2012; 33(6):473-8.
5. Palou J, Angulo JC, Ramón de Fata F, García-Tello A, González-Enguita C, Boada A, et al. Randomized comparative study for the assessment of a new therapeutic schedule of fosfomycin trometamol in postmenopausal women with uncomplicated lower urinary tract infection. Actas Urol Esp. 2013; 37(3):147-55.
6. Hof H. Candiduria! What now? Therapy of urinary tract infections with Candida. Urologe A. 2017;
56(2):172-9.
7. Borsari AG, Bucher B, Brazzola P, Simonetti GD, Dolina M, Bianchetti MG. Susceptibility of Escherichia coli strains isolated from outpatient children with community-acquired urinary tract infection in southern Switzerland. Clin Ther. 2008; 30(11):2090-5.
8. Bien J, Sokolova O, Bozko P. Role of uropathogenic Escherichia coli virulence factors in development of urinary tract infection and kidney damage. Int J Nephrol. 2012; 2012:681473.
9. Slavchev G, Pisareva E, Markova N. Virulence of uropathogenic Escherichia coli. J Culture Collec. 2009; 6(1):3-9.
10. Kaper JB, Nataro JP, Mobley HL. Pathogenic Escherichia coli. Nat Rev Microbiol. 2004; 2(2):123-40.
11. Tarchouna M, Ferjani A, Ben-Selma W, Boukadida J. Distribution of uropathogenic virulence genes in Escherichia coli isolated from patients with urinary tract infection. Int J Infect Dis. 2013; 17(6):e450-3.
12. Ghalandari SM, Mirzaei M, Najar PS. Frequency of papA, papC genes and antimicrobial resistance pattern in uropathogenic Escherichia coli. J Microbial World. 2016; 9(1):44-52.
13. Wullt B, Bergsten G, Connell H, Röllano P, Gebretsadik N, Hull R, et al. P fimbriae enhance the early establishment of Escherichia coli in the human urinary tract. Mol Microbiol. 2000; 38(3):456-64.
14. Abe CM, Salvador FA, Falsetti IN, Vieira MA, Blanco J, Blanco JE, et al. Uropathogenic Escherichia coli (UPEC) strains may carry virulence properties of diarrhoeagenic E. coli. FEMS Immunol Med Microbiol. 2008; 52(3):397-406.
15. Abou-Dobara MI, Deyab MA, Elsawy EM, Mohamed HH. Antibiotic susceptibility and genotype patterns of
Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae and Pseudomonas aeruginosa isolated from urinary tract infected patients. Pol J Microbiol. 2010; 59(3):207-12.

16. Lee JC, Chang JG. Random amplified polymorphic DNA polymerase chain reaction (RAPD PCR) fingerprints in forensic species identification. Forensic Sci Int. 1994; 67(2):103-7.
17. Li D, Liu B, Chen M, Guo D, Guo X, Liu F, et al. A multiplex PCR method to detect 14 Escherichia coli serogroups associated with urinary tract infections. J Microbiol Methods. 2010; 82(1):71-7.
18. Marialouis XA, Santhanam A. Antibiotic resistance, RAPD-PCR typing of multiple drug resistant strains of Escherichia Coli from urinary tract infection (UTI). J Clin Diagn Res. 2016; 10(3):DC05-9.
19. Kulkarni R, Dhakal BK, Slechta ES, Kurtz Z, Mulvey MA, Thanassi DG. Roles of putative type II secretion and type IV pilus systems in the virulence of uropathogenic Escherichia coli. PLoS One. 2009; 4(3):e4752.
20. Kudinha T, Kong F, Johnson JR, Andrew SD, Anderson P, Gilbert GL. Multiplex PCR-based reverse line blot assay for simultaneous detection of 22 virulence genes in uropathogenic Escherichia coli. Appl Environ Microbiol. 2012; 78(4):1198-202.
21. Rashki A, Abdi HA. O-serotyping of Escherichia coliStrains isolated from patients with urinary tract infection in southeast of Iran. Int J Enteric Pathog. 2014; 2(4):e20968.
22. Sarkar S, Ulett GC, Totsika M, Phan MD, Schembri MA. Role of capsule and O antigen in the virulence of uropathogenic Escherichia coli. PLoS One. 2014; 9(4):e94786.
23. Valavi E, Nikfar R, Ahmadzadeh A, Kompani F, Najafi R, Hoseini R. The last three years antibiotic susceptibility patterns of uropathogens in Southwest of Iran. Jundishapur J Microbiol. 2013; 6(4):e4958.
24. Manjula NG, Math GC, Patil A, Gaddad SM, Shivannavar CT. Incidence of urinary tract infections and its aetiological agents among pregnant women in Karnataka region. Adv Microbiol. 2013; 3(6):473-8.
25. Abiodun AO, Olufunke OA, Dunah FC, Oladiran F. Phenotypic identification and phylogenetic characterization of uropathogenic Escherichia coli in symptomatic pregnant women with urinary tract infections in South-Western Nigeria. Int J Biol. 2014; 6(4):145-55.
26. Molina-López J, Aparicio-Ozores G, Ribas-Aparicio RM, Gavilanes-Parra S, Chávez-Berrocal ME, Hernández-Castro R, et al. Drug resistance, serotypes, and phylogenetic groups among uropathogenic Escherichia coli including O25-ST131 in Mexico city. J Infect Dev Ctries. 2011; 5(12):840-9.
27. Issazadeh K, Naghibi SN, Khoshkholgh-Pahlaviani MM. Drug resistance and serotyping of uropathogenic Escherichia coli among patients with urinary tract infection in Rasht, Iran. Zahedan J Res Med Sci. 2015; 17(6):1 5.
28. Dormanesh B, Safarpoor Dehkordi F, Hosseini S, Momtaz H, Mirnejad R, Hoseini MJ, et al. Virulence factors and o-serogroups profiles of uropathogenic Escherichia coli isolated from Iranian pediatric patients. Iran Red Crescent Med J. 2014; 16(2):e14627.

29. Goudarzi V, Mirzaee M, Ranjbar R. O-serogrouping of Escherichia coli strains isolated from patients with urinary tract infection by using PCR method. Iran J Med Microbiol. 2017; 10(6):1-8.
30. Chansiripornchai N, Ramasoota P, Sasipreeyajan J, Svenson SB. Differentiation of avian pathogenic Escherichia coli (APEC) strains by random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis. Vet Microbiol.
2001; 80(1):75-83.
31. Rodtong S, Tannock GW. Differentiation of Lactobacillus strains by ribotyping. Appl Environ Microbiol. 1993; 59(10):3480-4.
32. Prabhu V, Isloor S, Balu M, Suryanarayana VV, Rathnamma D. Genotyping by Eric PCR of
Escherichia coli isolated from bovine mastitis cases. Indian J Biotechnol. 2010; 9(3):298-301.
33. Afshari A, Rad M, Seifi HA, Ghazvini K. Genetic variation among Escherichia coli isolates from human and calves by using RAPD PCR. Iran J Vet Med. 2016; 10(1):33-40.
34. Gomes AR, Muniyappa L, Krishnappa G, Suryanarayana VV, Isloor S, Prakash B, et al. Genotypic characterization of avian Escherichia coli by random amplification of polymorphic DNA. Int J Poult Sci. 2005; 4(6):378-81.
35. Kamerbeek J, Schouls L, Kolk A, van Agterveld M, van Soolingen D, Kuijper S, et al. Simultaneous
detection and strain differentiation of Mycobacterium tuberculosis for diagnosis and epidemiology. J Clin Microbiol. 1997; 35(4):907-14.
36. Tseng C, Ting E, Johnson D, Saluta M, Dunst R. RAPD fingerprinting as a potential means for differentiating human and animal E. coli. Life Sci News. 2001; 7:10-1.
37. Maity B, Guru PY. Genetic diversity and molecular characterization of pathogenic Escherichia coli from
different species of laboratory rodents. Indian J Biotechnol. 2007; 6:210-5.
38. Carvalho VM, Irino K, Onuma D, Pestana de Castro AF. Random amplification of polymorphic DNA reveals clonal relationships among enteropathogenic Escherichia coli isolated from non-human primates
and humans. Braz J Med Biol Res. 2007; 40(2):237-41.